Los dedos del río y los del mar, jugando con la arena y las olas, moldearon una gran balsa hasta darle forma de botella. Con ese nombre se dio a conocer la pequeña población marinera que fue creciendo cerca de la antigua desembocadura del río.

Los orígenes de la villa se remontan a la época ibérica. Los historiadores sitúan la botella en la ciudad helénica de Lebedontia, habitada por la tribu íbera de los edentantes o erdetes. Se han encontrado vestigios de la época romana y pre-romana que confirman la antigüedad de las raíces de la villa, como monedas, ánforas y antefijas (elementos de barro cocido en forma de mujer).

La historia de la Ampolla está estrechamente vinculada a la pesca y al tráfico marítimo. De hecho, a mediados del siglo XVI el Papa Adriano embarcó para dirigirse a Roma. En el último tercio del siglo XIX, el progreso empezó a vertebrar el litoral español y acercó por tanto la Ampolla a las grandes ciudades catalanas. En 1867 se construyó la estación de ferrocarril de L'Ampolla, y el primer tren circuló el 8 de mayo de ese mismo año.

En sus primeros orígenes, L'Ampolla había sido un antiguo hostal del camino real de Tarragona a Valencia. Según antiguos documentos, en el siglo XVI varias familias de pescadores habitaban ya este lugar. A finales del XIX, las playas del pueblo empezaron a ser muy apreciadas para tomar baños de mar; tanto, que llegó a haber un tren especial para los bañistas, que unía a Tortosa con la Ampolla.

Los grandes eventos de la historia han tenido también incidencia en la historia de la villa. En 1.917, en el contexto de la Ia Guerra Mundial, el barco Maxsherda fue hundido por un submarino alemán. Como muestra de agradecimiento por el apoyo a los náufragos, el gobierno francés regaló al pueblo una estatua de bronce.

Sin embargo, durante el siglo XX, el principal episodio histórico de la Ampolla fue la lucha por la segregación. El 16 de enero de 1.937, el Diario Oficial de la Generalidad publicó un decreto en el que disponía la segregación de la barriada de L'Ampolla del término del Perelló, para constituirse en municipio independiente. En 1.938, la aprobación del Decreto de Burgos derogó toda actividad del gobierno republicano, y con ella, paralizó el decreto por el que se disponía la segregación de la Ampolla.

Tras el período franquista se dio un nuevo impulso a la voluntad segregacionista de la villa de L'Ampolla. En 1.976 se formó la Junta de Segregación, que en 1.980 logró el inicio del proceso de segregación por vía judicial. De todas formas, no fue hasta el 15 de noviembre de 1.989 cuando el Tribunal Supremo se manifestó favorable a la creación del nuevo término municipal de L'Ampolla. Tres meses más tarde, el 28 de febrero de 1.990, con una nueva sentencia del Tribunal Supremo, se concluyó el proceso de autogestión del pueblo de L'Ampolla como municipio de Cataluña, constituyéndose el Ayuntamiento el día 5 de mayo de 1.990.